Po ucieczce z "Racoon City Medical Facility" gdzie rozgrywała się pierwsza część filmu, Alice wraz z kilkoma osobami, które przeżyły, stara się uciec ze zniszczonego miasta. W tym samym czasie, na drugim końcu metropolii, do życia budzi się wszechwładne uosobienie zła, potwór Nemesis. Ten potwór to zmutowany Matt Adison, znany już z pierwszej części filmu. Celem kreatury jest zniszczenie całego życia w okolicy. Resident Evil jest już drugą adaptacją gry komputerowej.
Po sukcesie, jaki odniósł "Resident Evil", przyszła kolej na drugi odcinek przygód agentki walczącej z zombie.
W centrum Raccoon City niewielka grupa ludzi walczy o przetrwanie. Wśród nich znajduje się Jill Valentine (Milla Jovovich). Przedzierając się przez hordy żywych trupów bohaterowie usiłują uciec z miasta.
Ich jedyną nadzieją jest dr. Charles Ashford. Zgadza się on im pomóc, pod warunkiem, że odnajdą jego córkę. A w samym mieście pojawia się genetycznie zmodyfikowana istota, o kryptonimie "Nemezis"...